Các tranh chấp chủ quyền trên Biển Đông giữa các quốc gia trong khu vực diễn ra từ sau Thế Chiến 2. Ban đầu các quốc gia tranh chấp vì vị trí chiến lược của Biển Đông.[6] Đối với Trung Quốc, Biển Đông nói chung cũng như quần đảo Hoàng Sa và quần đảo Trường Sa có vị trí quan trọng do nằm giữa Ấn Độ Dương và Thái Bình Dương là một vùng chiến lược quan trọng, là cổng của lục địa Trung Quốc đi ra thế giới bên ngoài.[7]Đối với Nhật Bản thì Biển Đông là con đường giao thông huyết mạch, không chỉ với Đông Nam Á mà cả với Trung Đông và châu Âu. Nền kinh tế Nhật Bản gắn liền với sự giao thông này.[8][9] Vì lợi ích chiến lược, trong Thế Chiến 2 Nhật đã cho xây căn cứ tàu ngầm tại đảo Ba Bình trong quần đảo Trường Sa.[cần dẫn nguồn]

Sau khi Công ước Liên Hiệp Quốc về Luật biển năm 1982 quy định về vùng đặc quyền kinh tế thì tầm quan trọng của việc khai thác tài nguyên, đặc biệt là đánh cá và khai thác dầu khí là nguyên nhân bổ sung cho mục đích tranh chấp.[10]Theo Bộ Tài nguyên, Địa chất Trung Quốc ước tính trữ lượng dầu mỏ ở Biển Đông khoảng 17,7 tỷ tấn,[11] so với trữ lượng 13 tỷ tấn của Kuwait.Ngày 11 tháng 3 năm 1976, lần đầu tiên công ty dầu Philippines phát hiện một mỏ dầu ngoài khơi đảo Palawan. Mỏ dầu này đang cung cấp 15% lượng dầu mỏ tiêu thụ hàng năm ở Philippines.[cần dẫn nguồn] Một số nguồn khác cho rằng trữ lượng dầu mỏ xác minh trong Biển Đông là 7,5 tỷ thùng.[12]Trung Quốc gọi Biển Đông là "vịnh Ba Tư thứ hai". Tập đoàn Khai thác dầu khí ngoài khơi Trung Quốc (CNOOC) dự tính chi 200 tỷ nhân dân tệ (tương đương 30 tỷ đô la Mỹ) trong vòng 20 năm để khai thác dầu khí trên khu vực Biển Đông, với độ sâu lên đến 2000 mét trong 5 năm tới với sản lượng khai thác 25 triệu tấn dầu và khí.[13]Tuy nhiên nhiều chuyên gia dầu khí phương Tây hoài nghi con số dự báo của Trung Quốc về trữ lượng dầu khí ở Biển Đông, tập trung chủ yếu ở quần đảo Trường Sa và Hoàng Sa cũng như không tính đến trữ lượng có thể khai thác thương mại.[14][15][16]

Tuy nhiên, không quốc gia nào trong số các quốc gia tuyên bố chủ quyền ở quần đảo Trường Sa tiến hành khai thác tài nguyên trên quy mô lớn để tránh gây ra một cuộc khủng hoảng. Ngoài ra, các công ty dầu quốc tế vẫn chưa được thực hiện các cam kết và hy vọng rằng các tranh chấp lãnh thổ sẽ được giải quyết.

Các cơ hội đánh bắt cá phong phú cũng là một động lực cho yêu sách chủ quyền. Năm 1988, Biển Đông chiếm 8% sản lượng đánh bắt cá trên thế giới, và con số đó đã tăng lên đáng kể từ đó.[cần dẫn nguồn] Đã có nhiều vụ đụng độ của các tàu Trung Quốc với tàu của ngư dân Việt Nam và Philippines trong khu vực Biển Đông. Trung Quốc tin rằng giá trị thu được từ việc đánh bắt cá và dầu từ biển tăng lên đến 1.000 tỷ đô la Mỹ.

Khu vực này cũng là một trong những tuyến hàng hải bận rộn nhất trên thế giới. Trong những năm 1980, ít nhất 270 tàu chở hàng chạy qua khu vực mỗi ngày. Hơn một nửa lượng hàng hóa vận chuyển bằng tàu biển hàng năm của thế giới đi qua eo biển Malacca, eo biển Sunda và eo biển Lombok, với đa số các tàu này tiếp tục hành trình vào Biển Đông. Lượng tàu chở dầu đi qua eo biển Malacca để vào Biển Đông nhiều hơn 3 lần số tàu loại này qua kênh đào Suez, hơn 5 lần số lượt loại tàu này qua kênh đào Panama.[17]